Theo tiến trình của lịch sử sau Cách mạng tháng Tám năm 1945, Viện Vệ sinh Dịch tễ học Hà Nội đã có các tên gọi: Viện Vi trùng học (1945 – 1946) – Theo Sắc lệnh luật số 41 ngày 3/10/1945 của Chủ tịch Hồ Chí Minh; Viện Pasteur Hà Nội: 1946 – 1957; Viện Vi trùng học: 1957 – 1961.

Viện Vệ sinh Dịch tễ học Hà Nội (1961 – 1998) – Theo Quyết định số 291/BYT-QĐ ngày 25 tháng 3 năm 1961 của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc sát nhập Viện Vi trùng và Viện Vệ sinh thành Viện Vệ sinh Dịch tễ học. Ngày 8/3/1961, Bộ trưởng Y tế Phạm Ngọc Thạch đã ký quyết định số 236/BYT-QĐ quy định nhiệm vụ của Viện Vệ sinh Dịch tễ học, trong đó phòng Kiểm định với nội dung là “Nghiên cứu và sản xuất các vắc xin, huyết thanh điều trị, kháng nguyên, kháng huyết thanh và cung cấp môi trường phục vụ cho công tác xét nghiệm”. Nhiệm vụ cụ thể là nghiên cứu và sản xuất các loại vắc xin, kháng nguyên, kháng huyết thanh và huyết thanh điều trị; giữ giống vi sinh vật, sản xuất và cung cấp môi trường.

Phòng Kiểm định của Viện có nhiệm vụ kiểm tra chất lượng các vắc xin và sinh phẩm này trước khi sử dụng trên người; Phòng Kiểm định vắc xin từ năm 1955 – 1960 được giao nhiệm vụ: Nghiên cứu ứng dụng các tiêu chuẩn quốc tế trong việc kiểm tra chất lượng vắc xin phòng bệnh đậu mùa và giữ giống vi rút đậu mùa trong sản xuất vắc xin; Nghiên cứu ứng dụng các tiêu chuẩn trong việc xác định hiệu lực vắc xin phòng bệnh thương hàn. Từ năm 1962 – 1970: Thực nghiệm miễn dịch trong nhiễm khuẩn do Vibrio Eltor; Tiêu chuẩn hóa vắc xin phòng bệnh thường hàn (vắc xin TAB); Nghiên cứu ứng dụng một loại môi trường bán tổng hợp không cần máu trong sản xuất vắc xin phòng bệnh ho gà; Ứng dụng kỹ thuật vi mô trong chuẩn định kháng thể uốn ván và bạch hầu; Tiêu chuẩn hóa liều miễn dịch hữu hiệu, hiệu lực của vắc xin phòng bệnh thương hàn bảo quản ở các nhiệt độ khác nhau; Ứng dụng phương pháp Habel trong xác định hiệu lực vắc xin phòng bệnh dại; Bước đầu tiêu chuẩn hóa vắc xin phòng uốn ván.

Những năm 1971 – 1978: Nghiên cứu đặc tính của các giống vi rút đậu trâu bò; chuẩn độ hiệu giá vắc xin đậu trên hệ thống tế bào nuôi; nghiên cứu ứng dụng phương pháp xác định hiệu lực của vắc xin phòng bệnh đậu mùa trên màng niệu đệm phôi gà 12 ngày; khả năng chuẩn định sinh vật phẩm trên tế bào nuôi; đáp ứng kháng thể sau khi tiêm các vắc xin theo lối nội bì, ảnh hưởng của lượng kháng thể ban đầu đối với các đáp ứng miễn dịch sau khi tiêm nhắc lại vắc xin bạch hầu – ho gà cho những người ở lứa tuổi trưởng thành.